Türkiye Diyanet Vakfı'nda 14 Haziran 2011 tarihinde Dış İlişkiler Müdürlüğü görevine getirilen, 23 Ocak 2012'de Vakıf Genel müdür yardımcısı yapılan 2016 yılında ise Türk Diyanet Vakfı’na genel müdür olan Tutkun, daha önce Deniz Feneri Derneğinde Uluslararası İlişkiler Müdürü olarak çalışıyordu.

Türk Diyanet Vakfı (TDV) Genel Müdürü Mustafa Tutkun, 9 Mayıs 2016’dan beri genel müdürlüğünü yaptığı TDV’den ayrıldı. 31 Ocak’ta genel müdürlüğü bırakan Tutkun, Türk Kızılayı’na Genel Müdür Yardımcısı olarak atandı. Tutkun’un görevine gelecek hafta başlayacağı öğrenildi. Tutkun, "Ülkemizin güzide kurumlarından Türk Kızılay’ında Genel Müdür Yardımcısı olarak hizmetlerimize devam edeceğiz İnşallah. Dua ve desteklerinizi beklerim" dedi.