Çıray "AKP’li üye Reşat Petek, Ergenekon ve Balyoz kumpaslarına açık destek verdi. FETÖ ile ilgisinin derecesi araştırılacak bir şahsiyettir. TSK’nın asil üyelerinin aileleriyle birlikte hayatlarını zindan edilmesine önemli katkılarda bulunmuştur" dedi. Çıray yaptığı yazılı açıklamada şunları söyledi:

"Sağlıklı bir komisyonun temel şartı, üyelerinin 15 Temmuz işgal harekatının işbirlikçi ajan ve piyonlarıyla, pozitif ilişkiye girmemiş olmamalarıdır. AKP’nin Komisyona verdiği bazı üyelerin bu temel şartı karşılamadıkları ortadadır. Reşat Petek’in pişmanlığını deklare etmesi de sorumluluğunu ortadan kaldırmaz. Petek’in komisyondaki varlığı Komisyonun etkinliğini ve verimliliğini düşürebilir’’

Çıray, komisyon üyesi AKP’li Hüseyin Kocabıyık’ın da, geçmişte Fetullah Gülen’i "1000 Türk büyüğünden biri ilan ettiğini" hatırlattı ve "İfadeleri, sıradan övgü sınırlarını zorlamıştır. Komisyonun üzerine gölge düşürecek ve tartışmalara yol açarak gündemi saptıracaktır" dedi.