Üniversite hastanelerinin yaşadıkları mali çıkmazın nedenlerinden bazıları şöyle:

Hastane işletme maliyetinde yıllar itibarıyla artış olmasına karşılık Sağlık Uygulama Tebliği (SUT) ekinde yer alan birim fiyatların değişmemesi.

Üniversite hastanelerinin yüksek maliyetli tedavi yöntemleri olması ancak bu hizmetlere ilişkin maliyetlerle orantılı fiyatlandırmanın yapılmaması.

Bilimsel araştırma giderlerinin döner sermaye gelirlerinden desteklenmesi.

Üretilen hizmetle doğrudan ilgili olmayan personel ödemeleri ve cari giderlerin döner sermaye işletmesinden karşılanması.

Nakit yetersizliği nedeniyle tedarikçilere ödemelerin zamanında yapılamamasının satın alma maliyetlerini artırması.

Özel durum arz eden hastalıkların tedavisi için harcanan malzeme ve ilaç bedellerinin tümünün yer almaması.

Bakılan hasta sayısının artması ve yeni maliyet kalemlerinin ortaya çıkması. Katkı payı ödemelerinde kısıntıya gidilmemesi.