Aygün Attar en yüksek oy almasına rağmen rektörlüğe atanmamıştı.Attar, 28 Mart 2012’de dönemin Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Giresun Üniversitesi Rektörlüğü’ne atanmıştı. AKP Genel Başkan Yardımcısı ve Giresun Milletvekili Nurettin Canikli, “Göreve gelir gelmez ağır bir ideolojik yaklaşım sergilediğini ve üniversitede tam anlamıyla kıyım yaptığını” öne sürerek Attar’ı eleştirmişti.
Attar, 2016’da yapılan rektörlük seçimlerinde en yüksek oyu almasına rağmen Cumhurbaşkanı Tayyip Erdoğan tarafından rektör olarak atanmamıştı. Erdoğan, Giresun Üniversitesi’ndeki seçimlerde, 2. sırada çıkan Prof. Dr. Cevdet Coşkun’u rektör olarak görevlendirmişti. Attar, aradan geçen 5 yılın ardından Cumhurbaşkanlığı Güvenlik ve Dış Politikalar Kurulu üyeliğine getirildi.
