Söke ovası 2000 yıl kadar önce denizdi, burada büyük bir körfez vardı. Büyük Menderes ırmağının getirdiği alüvyonlar körfezi doldurdu ve ova haline getirdi.
Bugünkü Bafa Gölü ise denizden bir parça olarak arada kaldı. Yaklaşık 60 km²'lik yüzölçüme sahip olan Bafa Gölü'nün denizden yüksekliği 2 metre, en derin bölümü 21 metre, uzun ekseni 16 km ve en geniş yeri 6 km.
Etrafı zeytinlikler çevrili gölün üzerinde iki ada bulunmakta. İkiz adalardan biri aslında tam ada değil, bir kumulla karaya bağlı.
Bafa Gölü’nde kefal, levrek, yılan balığı tutuluyor. Zengin bir kuş türü çeşitliliğine de sahip Bafa Gölü'nü gezmek isteyenlere dolmuş usulü motorlar hizmet veriyor.
Bu sayede Adalar, Heraklia antik kentine de ulaşım sağlanmakta. Göldeki adalarda manastırlar, kiliseler bulunuyor. Bunlardan "Yediler Manastırı" en eskisi.
Bafa Gölü'nü ziyaret edenler, göl boyunca ilerleyen yolların kenarında kurulan tezgâhlardan baharat, kekik suyu, mevsim meyveleri, zeytinyağı, bal ve zeytinyağından yapılan sabunlar satın alabilir.
Bafa Gölü 1994 yılında Tabiatı Koruma Alanı ilan edildi. Buna karşın, göle dökülen nehir sularının azaltılması ve kirletilmesiyle değişen kimyasal içeriği ve azalan oksijen miktarı yüz binlerce balığın ölmesine ve ekosistemin geri dönülmez bir kavşağa sürüklenmesine neden oldu.
Bunun dışında, gölle bağlantısı bulunan Büyük Menderes nehrinin bağlantısının gölden tamamen koparılması ve gölün çevresine kurulmuş zeytinyağı fabrikalarının atıklarının arıtılmadan göle dökülmesine göz yumulması, gölü kirleten temel etkenler arasında yer alıyor.
