Tepelerin yüksekliği yaklaşık 30 ila 120 metre arasında değişiyor ve sivrilen üst kısımlarıyla dikkat çekiyor. Karstik yapıya sahip bu bölgelerde eriyebilen ana kayaçlar, obruklar ve mağara sistemleri oluşturabiliyor.

Nitekim 2001 tarihli bir araştırmaya göre Çikolata Tepeleri çevresinde çok sayıda yer altı mağarası ve kaynak tespit edildi; bazı mağaraların doğrudan bu tepelerin altında bulunabileceği düşünülüyor.

Bilimsel bulgular, Çikolata Tepeleri’nin oluşumunun son buzul çağının başlangıcına ya da hemen öncesine, yani yaklaşık 2,6 milyon ile 11 bin 700 yıl öncesine uzandığını gösteriyor. Bu dönemde tektonik süreçler mercan ve diğer denizel tortulları yükseltti. Daha sonra yağış ve erozyon, bu kayaçları aşındırarak bugün görülen düzenli tepecik manzarasını şekillendirdi.

Ancak bölgenin hikayesi yalnızca jeolojiyle sınırlı değil. Yerel efsaneler, bu sıra dışı şekilleri devlerin çamur savaşıyla açıklıyor. Bir anlatıya göre iki devin birbirine çamur fırlatması sonucu bu tepeler oluştu. Bir başka hikâyede ise bölgede yaşayan dev çocukların, hindistancevizi kabukları altında pişirdikleri çamur kekleri zamanla Çikolata Tepeleri’ne dönüştü.

Tepelerin arasındaki alanlar ise düz yapıları sayesinde tarıma elverişli ve pirinç başta olmak üzere çeşitli ürünlerin yetiştirildiği arazilerle kaplı. Çikolata Tepeleri, 1988 yılında Filipinler tarafından ulusal jeolojik anıt ilan edildi ve 1997’de doğal anıt statüsüyle koruma altına alındı. Dünyada bu oluşuma tam anlamıyla benzeyen başka bir yer bulunmuyor; yalnızca Endonezya’nın Java Adası’nda daha az etkileyici benzer bir jeolojik yapı olduğu belirtiliyor.

Koruma statüsü ise beraberinde tartışmaları da getirdi. 1990’ların sonlarında doğal anıt ilan edilmesinin ardından çiftçiler, küçük ölçekli madenciler ve arazi sahipleri, çevresel korumaların mülkiyet haklarını ve geçim kaynaklarını kısıtlayacağından endişe ederek hükümete karşı çıktı. 2001 tarihli makaleye göre protestolar, bir gerilla grubuyla ordu arasında yaşanan şiddetli çatışmalara kadar tırmandı. Ekim 1999’da meydana gelen çatışmalardan birinde 10 kişi hayatını kaybetti.

Günümüzde de çevre koruma, turizm ve yerel halkın ihtiyaçları arasında denge kurmak kolay değil. 2024 yılında Çikolata Tepeleri'in ortasında bir tatil köyü inşa edilmesi, kamuoyunda yeniden tepkilere yol açtı. Böylece bu benzersiz doğa harikası, hem jeolojik geçmişi hem de toplumsal tartışmalarıyla dikkat çekmeye devam ediyor.