Müzedeki sergilenen Fenerbahçe Vapuru’nun 2. Mevki Salonu’nda yer alan Eğitim Atölyesi’nde 4-14 yaş arası çocuklarla atölye çalışmaları yapılıyor. Bu atölyeler biyoloji, tasarım, mutfak, boyama, bitki, sinema, robotik, astronomi, oyun, heykel, masal vb. Atölye’ ye katılan çocuklara yaş gruplarına göre yeni arkadaşlar edinerek iletişim ve sosyal becerilerini geliştirebilme olanağının yanı sıra yaparak-yaşayarak öğrenebilme imkanı sunuyor. Çocuklar, etkinlik sürecinde müzedeki süreli-süresiz sergileri geziyor, ardından gördüklerini kendi hayal dünyalarına göre tasarlıyor ve eğlencenin tadına varıyor.